Pemerintahan di Indonesia terdiri dari tiga cabang yaitu eksekutif, legislatif, dan yudikatif. Namun dalam pengertian yang lebih sempit, pemerintahan di Indonesia terdiri dari Presiden, kabinet, dan bawahannya termasuk pemerintah daerah. Indonesia merupakan negara republik dengan sistem presidensil. Sebagai negara kesatuan, kekuatan terkonsentrasi pada pemerintah pusat. Setelah lengsernya Presiden Soeharto pada tahun 1998, struktur politik dan pemerintahan di Indonesia mengalami reformasi. Terjadi empat amandemen pada Undang-Undang Negara Republik Indonesia tahun 1945 telah merubah sistem pada eksekutif, legislatif, dan yudikatif.
1. Presiden Republik Indonesia (Eksekutif)
Presiden Indonesia adalah kepala negara, kepala pemerintahan, komando tertinggi Tentara Nasional Indonesia, dan pengarah pemerintahan daerah, pembuatan peraturan, dan hubungan internasional. Pemilihan presiden 2004 merupakan pemilihan presiden dan wakil presiden pertama. Seorang presiden hanya bisa menjabat dua kali selama masing-masing lima tahun.
2. Legislatif di Indonesia
Badan perwakilan tertinggi pada tingkat nasional adalah Majelis Permusyawaratan Rakyat atau MPR. Fungsi utama MPR adalah mendukung dan mengamandemen konstitusi, melantik Presiden, dan menyusun Garis Besar Haluan Negara (GBHN). MPR mempunyai kekuatan untuk mendakwa Presiden. MPR terdiri dari dua dewan yakni Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) dengan 560 anggota dan Dewan Perwakilan Daerah (DPD) dengan 132 anggota. DPR bertugas melakukan legislasi dan mengawasi eksekutif. DPR terdiri dari anggota partai yang terpilih untuk menjabat selama lima tahun. Sejak reformasi 1998, peran DPR dalam pemerintahan nasional meningkat. DPD menjadi ruang baru dalam pengendalian daerah.
3. Yudikatif di Indonesia
Kebanyakan perselisihan antar sipil diselesaikan di Pengadilan Negeri, kemudian di Pengadilan Tinggi. Mahkamah Agung adalah pengadilan tertinggi negara, dan mengadili perkara akhir. Pengadilan lainnya termasuk Pengadilan Niaga yang menyatakan keadaan bangkrut suatu perusahaan, Pengadilan Tata Usaha Negara yang mengadili kasus administrasi atas pemerintah, dan Mahkamah Konstitusi yang mengadili legalitas hukum, pemilihan umum, pembubaran partai, dan yang mencakup otoritas institusi negara, dan Pengadilan Agama yang mengadili hukum yang berkaitan dengan agama dan pernikahan/perceraian.
4. Politik di Indonesia
Sejak tahun 1999 Indonesia menganut sistem multi partai. Dalam dua pemilihan legislatif sejak runtuhnya rezim Orde Baru, tidak ada partai yang memenangi mayoritas kursi. Hal itu menghasilkan pemerintahan koalisi.
5. Hubungan Internasional di Indonesia
Berbeda dengan pemerintahan Soekarno yang anti imperialistik terhadap kekuatan Barat dan meningkatnya tensi dengan Malaysia, hubungan internasional Indonesia sejak Orde Baru lebih berdasarkan kepada kerja sama ekonomi dan politik dengan dunia Barat. Indonesia menjalin hubungan dekat dengan tetangganya di Asia, dan menjadi anggota pendiri ASEAN dan KTT Asia Timur. Indonesia berhasil memperbaiki hubungan dengan Republik Rakyat Tiongkok pada tahun 1990 setelah membekunya hubungan akibat pembersihan komunisme di awal era Soeharto.
Indonesia menjadi anggota Perserikatan Bangsa-Bangsa sejak 1950, dan menjadi pendiri Gerakan Non-Blok. Indonesia ikut menandatangani persetujuan Perdagangan Bebas ASEAN dan Organisasi Perdagangan Dunia, serta menjadi anggota OPEC. Indonesia menerima bantuan kemanusiaan dan pengembangan sejak 1966, kebanyakan dari Amerika Serikat, Eropa barat, Australia, dan Jepang.
Pemerintahan Indonesia bekerja sama dengan negara lain untuk menangkap dan mengadili pelaku pemboman besar yang terkait dengan militan Islam dan Al-Qaeda. Pemboman paling mematikan yang membunuh 202 orang (termasuk 164 wisatawan internasional) terjadi di Kuta, Bali pada tahun 2002. Serangan tersebut menimbulkan negara lain mengeluarkan travel warning dan merusak sektor pariwisata dan prospek investasi negara.
6. Militer di Indonesia
Tentara Nasional Indonesia (TNI) termasuk TNI Angkatan Darat (TNI-AD), TNI Angkatan Laut (TNI-AL), dan TNI Angkatan Udara (TNI-AU). Indonesia memiliki sekitar 400.000 personel militer. Anggaran pertahanan dalam APBN sekitar 4% dari PDB pada tahun 2006. Salah satu reformasi tahun 1998 adalah menghilangkan keterlibatan TNI dalam parlemen. Tanpa itu, pengaruh politik TNI sangat tinggi.
Gerakan separatis di provinsi Aceh dan Papua telah berubah menjadi konflik militer, dan diikuti dengan tuduhan pelanggaran Hak Asasi Manusia. Diikuti dengan perang gerilya selama 30 tahun antara Gerakan Aceh Merdeka (GAM) dan militer Indonesia, perjanjian gencatan senjata dicapai pada tahun 2005. Di Papua, telah diterapkan hukum otonomi daerah, dan terjadi penurunan tingkat perusuhan dan pelanggaran HAM.
7. Pembagian Administratif di Indonesia
Secara administratif, Indonesia terdiri dari 34 provinsi, lima diantaranya memiliki keistimewaan. Masing-masing provinsi memiliki legislatif dan pemerintahan sendiri. Setiap provinsi dibagi atas beberapa kabupaten dan kota, yang kemudian dibagi menjadi kecamatan (dan distrik di Papua dan Papua Barat), dan dibagi lagi menjadi kelurahan/desa/kampung/nagari (di Sumatra Barat)/gampong (di Aceh). Desa merupakan tingkat administrasi pemerintahan paling bawah di Indonesia. Lebih jauh, desa dibagi menjadi beberapa rukun warga (RW)/banjar (di Bali) yang dapat dibagi menjadi dusun, dukuh, atau rukun tetangga (RT). Sejak implementasi otonomi daerah sejak 2001, kabupaten dan kota menjadi unit administratif utama. Tingkat administratif tingkat desa memengaruhi kehidupan sehari-hari warga dan dikepalai oleh lurah atau kepala desa.
Provinsi Aceh, Jakarta, Yogyakarta, Papua, dan Papua Barat memiliki hak legislatif yang lebih besar dan tingkat otonomi yang lebih besar dari pemerintah pusat dibandingkan dengan provinsi lain. Pemerintah Aceh, memiliki hak untuk membuat hukum sendiri yang berdasarkan hukum Islam. Yogyakarta meraih status Daerah Istimewa karena memiliki peran penting dalam kemerdekaan Indonesia dan keputusannya untuk bergabung dengan Indonesia sebagai sebuah republik. Papua juga mendapatkan otonomi khusus pada tahun 2001 dan kemudian terbagi menjadi Papua dan Papua Barat pada Februari 2003. Jakarta adalah kawasan khusus ibukota negara.
Berikut adalah daftar provinsi di Indonesia beserta ibukotanya, dikategorikan berdasasrkan kawasan pulaunya. Provinsi bertanda bintang (*) menandakan status istimewa:
Sumatra
- Nanggroe Aceh Darussalam* – Banda Aceh
- Sumatera Utara – Medan
- Sumatera Barat – Padang
- Riau – Pekanbaru
- Kepulauan Riau – Tanjung Pinang
- Jambi – Jamb
- Sumatera Selatan – Palembang
- Kepulauan Bangka-Belitung – Pangkal Pinang
- Bengkulu – Kota Bengkulu
- Lampung – Bandar Lampung
Jawa
- Daerah Khusus Ibukota Jakarta* – Jakarta
- Banten – Serang
- Jawa Barat – Bandung
- Jawa Tengah – Semarang
- Daerah Istimewa Yogyakarta* – Yogyakarta
- Jawa Timur – Surabaya
Kepulauan Sunda Kecil
- Bali – Denpasar
- Nusa Tenggara Barat – Mataram
- Nusa Tenggara Timur – Kupang
Kalimantan
- Kalimantan Barat – Pontianak
- Kalimantan Tengah – Palangkaraya
- Kalimantan Selatan – Banjarmasin
- Kalimantan Timur – Samarinda
- Kalimantan Utara – Tanjung Selor
Sulawesi
- Sulawesi Utara – Manado
- Gorontalo – Kota Gorontalo
- Sulawesi Tengah – Palu
- Sulawesi Barat – Mamuju
- Sulawesi Tenggara – Kendari
Kepulauan Maluku
- Maluku – Ambon
- Maluku Utara – Sofifi
Papua
- Papua Barat* – Manokwari
- Papua* – Jayapura